REQUEST FOR QUOTATION No 22 09 2026 NG - Next Generation Sequencing (NGS) of PCR amplicon samples
Notice description
Powstaje w kontekście projektu:
FENG.01.01-IP.02-0095/23 - "ONCO Prime: nowe możliwości personalizowanej terapii przeciwnowotworowej w oparciu o hodowlę komórek pierwotnych od pacjenta, charakteryzację omiczną i testy funkcjonalne"
Sekwencjonowanie nowej generacji (NGS) próbek amplikonów PCR:
kontrola jakości materiału DNA; czystość i integralność DNA muszą zostać zweryfikowane metodą elektroforezy w żelu agarozowym, a wyniki kontroli jakości powinny zostać przedstawione w odrębnym raporcie przed rozpoczęciem dalszego przetwarzania próbek;
przygotowanie biblioteki sekwencyjnej bez etapu amplifikacji PCR (PCR-free);
weryfikacja jakości biblioteki z wykorzystaniem ilościowej reakcji PCR (qPCR) oraz ocena rozkładu długości fragmentów;
sekwencjonowanie przy użyciu wysokoprzepustowej platformy NGS opartej na technologii Sequencing by Synthesis (SBS) oraz technologii patternowanych komórek przepływowych (patterned flow cells), generującej odczyty sparowane o długości 150 pz (PE150) przy Q30 ≥ 85%, z możliwością wyboru wydajności sekwencjonowania wynoszącej 1,5 Gb, 15 Gb lub 30 Gb na bibliotekę, zgodnie z wymaganiami dla poszczególnych próbek;
opracowanie raportu podsumowującego proces sekwencjonowania, zawierającego informacje o zastosowanej metodzie i przebiegu procesu, parametrach przebiegu sekwencjonowania oraz analizach statystycznych umożliwiających ocenę jakości sekwencjonowania i pokrycia próbek;
bioinformatyczna obróbka danych obejmująca:
kontrolę jakości wygenerowanych danych sekwencyjnych;
filtrowanie odczytów niskiej jakości oraz odczytów zawierających sekwencje adapterowe;
raportowanie parametrów Q20 i Q30;
analizę rozkładu wskaźnika błędów;
analizę rozkładu zawartości GC;
bezpieczne przekazanie danych za pośrednictwem zabezpieczonej hasłem chmury obliczeniowej;
dostęp do chronionego hasłem konta online umożliwiającego monitorowanie bieżącego statusu zamówienia;
regularna komunikacja dotycząca postępu projektu i etapów przetwarzania próbek za pośrednictwem dedykowanego kierownika projektu;
zapewnienie wsparcia technicznego i obsługi klienta przez cały okres obowiązywania umowy.
Szacowany zakres umowy: przygotowanie bibliotek sekwencyjnych - minimum 10 bibliotek, maksimum 100 bibliotek; sekwencjonowanie - minimum 100 Gb, maksimum 1000 Gb (głębokość sekwencjonowania).
Powyższe zakresy stanowią minimalny i maksymalny wolumen zamówień, które mogą zostać złożone przez Zamawiającego w ramach umowy. Zamawiający nie jest zobowiązany do wykorzystania maksymalnego wolumenu wskazanego powyżej, a Wykonawcy nie będą przysługiwać żadne roszczenia z tytułu złożenia zamówień o wartości lub wolumenie niższym niż maksymalny określony w umowie.
***
Next Generation Sequencing (NGS) of PCR amplicon samples:
quality control of the DNA material; purity and integrity must be verified using agarose gel electrophoresis, with quality control results provided in a separate report prior to further sample processing;
preparation of a PCR-free sequencing library;
verification of library quality using quantitative PCR (qPCR) and subsequent assessment of fragment length distribution;
sequencing using a high-throughput next-generation sequencing platform based on Sequencing by Synthesis (SBS) technology and patterned flow cell technology, generating paired-end 150 bp reads (PE150) with Q30 ≥ 85%, with available sequencing output options of 1.5 Gb, 15 Gb, or 30 Gb per library, selectable according to the requirements of each sample;
generation of a report summarizing the sequencing process, including information on the sequencing method and workflow, sequencing run parameters, and statistical analyses enabling assessment of sequencing quality and sample coverage;
bioinformatic data processing including:
o quality control of generated sequencing data;
o filtering of low-quality reads and reads containing adapter sequences;
o reporting of Q20 and Q30 metrics;
o error rate distribution analysis;
o GC content distribution analysis;
secure, password-protected delivery of data via cloud-based storage;
access to a password-protected online account enabling tracking of current order status;
regular communication regarding project progress and sample processing stages through a dedicated project manager;
provision of technical support and customer care throughout the contract period.
Estimated scope of the contract: library preparation - minimum 10 libraries, maximum 100 libraries; sequencing - minimum 100 Gb, maximum 1000 Gb (sequencing depth). The above ranges constitute the minimum and maximum volume of orders that may be placed by the Ordering Party under the contract; the Contractor shall have no claim in respect of orders below the maximum volume.
Miejsce realizacji
Kraj: Polska, Województwo: małopolskie, Powiat: Kraków, Gmina: Kraków-Podgórze, Miejscowość: Kraków
FENG.01.01-IP.02-0095/23 - "ONCO Prime: nowe możliwości personalizowanej terapii przeciwnowotworowej w oparciu o hodowlę komórek pierwotnych od pacjenta, charakteryzację omiczną i testy funkcjonalne"
Sekwencjonowanie nowej generacji (NGS) próbek amplikonów PCR:
kontrola jakości materiału DNA; czystość i integralność DNA muszą zostać zweryfikowane metodą elektroforezy w żelu agarozowym, a wyniki kontroli jakości powinny zostać przedstawione w odrębnym raporcie przed rozpoczęciem dalszego przetwarzania próbek;
przygotowanie biblioteki sekwencyjnej bez etapu amplifikacji PCR (PCR-free);
weryfikacja jakości biblioteki z wykorzystaniem ilościowej reakcji PCR (qPCR) oraz ocena rozkładu długości fragmentów;
sekwencjonowanie przy użyciu wysokoprzepustowej platformy NGS opartej na technologii Sequencing by Synthesis (SBS) oraz technologii patternowanych komórek przepływowych (patterned flow cells), generującej odczyty sparowane o długości 150 pz (PE150) przy Q30 ≥ 85%, z możliwością wyboru wydajności sekwencjonowania wynoszącej 1,5 Gb, 15 Gb lub 30 Gb na bibliotekę, zgodnie z wymaganiami dla poszczególnych próbek;
opracowanie raportu podsumowującego proces sekwencjonowania, zawierającego informacje o zastosowanej metodzie i przebiegu procesu, parametrach przebiegu sekwencjonowania oraz analizach statystycznych umożliwiających ocenę jakości sekwencjonowania i pokrycia próbek;
bioinformatyczna obróbka danych obejmująca:
kontrolę jakości wygenerowanych danych sekwencyjnych;
filtrowanie odczytów niskiej jakości oraz odczytów zawierających sekwencje adapterowe;
raportowanie parametrów Q20 i Q30;
analizę rozkładu wskaźnika błędów;
analizę rozkładu zawartości GC;
bezpieczne przekazanie danych za pośrednictwem zabezpieczonej hasłem chmury obliczeniowej;
dostęp do chronionego hasłem konta online umożliwiającego monitorowanie bieżącego statusu zamówienia;
regularna komunikacja dotycząca postępu projektu i etapów przetwarzania próbek za pośrednictwem dedykowanego kierownika projektu;
zapewnienie wsparcia technicznego i obsługi klienta przez cały okres obowiązywania umowy.
Szacowany zakres umowy: przygotowanie bibliotek sekwencyjnych - minimum 10 bibliotek, maksimum 100 bibliotek; sekwencjonowanie - minimum 100 Gb, maksimum 1000 Gb (głębokość sekwencjonowania).
Powyższe zakresy stanowią minimalny i maksymalny wolumen zamówień, które mogą zostać złożone przez Zamawiającego w ramach umowy. Zamawiający nie jest zobowiązany do wykorzystania maksymalnego wolumenu wskazanego powyżej, a Wykonawcy nie będą przysługiwać żadne roszczenia z tytułu złożenia zamówień o wartości lub wolumenie niższym niż maksymalny określony w umowie.
***
Next Generation Sequencing (NGS) of PCR amplicon samples:
quality control of the DNA material; purity and integrity must be verified using agarose gel electrophoresis, with quality control results provided in a separate report prior to further sample processing;
preparation of a PCR-free sequencing library;
verification of library quality using quantitative PCR (qPCR) and subsequent assessment of fragment length distribution;
sequencing using a high-throughput next-generation sequencing platform based on Sequencing by Synthesis (SBS) technology and patterned flow cell technology, generating paired-end 150 bp reads (PE150) with Q30 ≥ 85%, with available sequencing output options of 1.5 Gb, 15 Gb, or 30 Gb per library, selectable according to the requirements of each sample;
generation of a report summarizing the sequencing process, including information on the sequencing method and workflow, sequencing run parameters, and statistical analyses enabling assessment of sequencing quality and sample coverage;
bioinformatic data processing including:
o quality control of generated sequencing data;
o filtering of low-quality reads and reads containing adapter sequences;
o reporting of Q20 and Q30 metrics;
o error rate distribution analysis;
o GC content distribution analysis;
secure, password-protected delivery of data via cloud-based storage;
access to a password-protected online account enabling tracking of current order status;
regular communication regarding project progress and sample processing stages through a dedicated project manager;
provision of technical support and customer care throughout the contract period.
Estimated scope of the contract: library preparation - minimum 10 libraries, maximum 100 libraries; sequencing - minimum 100 Gb, maximum 1000 Gb (sequencing depth). The above ranges constitute the minimum and maximum volume of orders that may be placed by the Ordering Party under the contract; the Contractor shall have no claim in respect of orders below the maximum volume.
Miejsce realizacji
Kraj: Polska, Województwo: małopolskie, Powiat: Kraków, Gmina: Kraków-Podgórze, Miejscowość: Kraków
Time limit for receipt of tenders
2026-09-29 21:59:59.0
Location
Kraj: Polska, Województwo: małopolskie, Powiat: Kraków, Gmina: Kraków-Podgórze, Miejscowość: Kraków
Category assortment
Market research and development
Buyer details
RYVU THERAPEUTICS S.A.
Sternbacha 2
30-394 Kraków
Województwo: małopolskie
Kraj: Polska
NIP: 6792942955
Sternbacha 2
30-394 Kraków
Województwo: małopolskie
Kraj: Polska
NIP: 6792942955
