Przygotowanie analizy in silico screening ZINC DB transportera pmCiC (SLC25A1 wariant 3)
Notice description
W związku z realizacją przez Zamawiającego projektu badawczo-rozwojowego ubiegającego się o dofinansowanie w naborze nr FENG.01.01-IP.02-001/26 w ramach programu Fundusze Europejskie na rzecz Inteligentnej Gospodarki, zwanego dalej „Projektem”, Zamawiający składa zapytanie ofertowe dotyczące realizacji usługi: opisanej jak poniżej.
Przedmiotem zamówienia jest przygotowanie analizy in silico screening ZINC DB transportera pmCiC (SLC25A1 wariant 3).
Przedmiot zamówienia obejmuje w szczególności następujące etapy analizy oraz dodatkowe analizy strukturalne i mechanistyczne transportera:
1. badanie nad klastrowaniem.
2. Obliczanie właściwości QSAR/ADMET.
3. Obliczanie stanów protonowania.
4. Badania w zakresie zdobywania nowej wiedzy w zakresie parametrów.
5. badania w zakresie analizy adresu IP.
6. Dokowanie z dostosowaniem pola siłowego MMFF94 do modelowania póz ligandów.
7. Rescoring z polami siłowymi Amber oraz elementami chemii kwantowej.
8. Badania w zakresie perturbacji energii swobodnej (Free Energy Perturbation) do 20 ligandów.
9. Analiza wpływu środowiska lipidowego na strukturę badanego transportera, w tym ocenę zmian
konformacyjnych białka w zależności od rodzaju kwasów tłuszczowych obecnych w błonie.
10. Analiza mechanizmu oddziaływania potencjalnych inhibitorów z transporterem, w szczególności
w kontekście blokowania funkcji transportowej bez penetracji błony komórkowej.
11. Analiza parametrów fizykochemicznych i ADMET kandydatów, z uwzględnieniem ograniczenia
zdolności przenikania przez błony biologiczne.
Zamawiający wymaga zastosowania zintegrowanego workflow virtual screening obejmującego pipeline chemoinformatyczny oraz symulacje strukturalne białka w środowisku błonowym.
Na potrzeby realizacji zamówienia Zamawiający dostarczy Wykonawcy:
Protokoły i raporty z poszczególnych etapów prac metodologicznych oraz raportów z poszczególnych etapów prac, obejmujących opis zastosowanych metod obliczeniowych, parametrów symulacji oraz kryteriów selekcji kandydatów. Dokumentacja powinna umożliwiać reprodukcję przeprowadzonych analiz oraz zawierać uzasadnienie wyboru zastosowanych metod modelowania molekularnego i chemoinformatycznego. Zamawiający oczekuje, że zastosowane podejście obliczeniowe będzie obejmowało integrację metod chemoinformatycznych, modelowania strukturalnego białek oraz symulacji molekularnych.
Od Wykonawcy wymaga się:
1. Organizowania telekonferencji, podczas których będą omawiane postępy realizacji projektu.
2. Przygotowywania raportów z postępu projektu.
3. Przygotowania raportu końcowego zawierającego opis wszystkich elementów usługi.
Zamawiający nie dopuszcza możliwości składania ofert częściowych (1 część przedmiotu zamówienia).
Zamawiający nie przewiduje możliwości składania ofert wariantowych.
Miejsce realizacji
Cała polska
Przedmiotem zamówienia jest przygotowanie analizy in silico screening ZINC DB transportera pmCiC (SLC25A1 wariant 3).
Przedmiot zamówienia obejmuje w szczególności następujące etapy analizy oraz dodatkowe analizy strukturalne i mechanistyczne transportera:
1. badanie nad klastrowaniem.
2. Obliczanie właściwości QSAR/ADMET.
3. Obliczanie stanów protonowania.
4. Badania w zakresie zdobywania nowej wiedzy w zakresie parametrów.
5. badania w zakresie analizy adresu IP.
6. Dokowanie z dostosowaniem pola siłowego MMFF94 do modelowania póz ligandów.
7. Rescoring z polami siłowymi Amber oraz elementami chemii kwantowej.
8. Badania w zakresie perturbacji energii swobodnej (Free Energy Perturbation) do 20 ligandów.
9. Analiza wpływu środowiska lipidowego na strukturę badanego transportera, w tym ocenę zmian
konformacyjnych białka w zależności od rodzaju kwasów tłuszczowych obecnych w błonie.
10. Analiza mechanizmu oddziaływania potencjalnych inhibitorów z transporterem, w szczególności
w kontekście blokowania funkcji transportowej bez penetracji błony komórkowej.
11. Analiza parametrów fizykochemicznych i ADMET kandydatów, z uwzględnieniem ograniczenia
zdolności przenikania przez błony biologiczne.
Zamawiający wymaga zastosowania zintegrowanego workflow virtual screening obejmującego pipeline chemoinformatyczny oraz symulacje strukturalne białka w środowisku błonowym.
Na potrzeby realizacji zamówienia Zamawiający dostarczy Wykonawcy:
Protokoły i raporty z poszczególnych etapów prac metodologicznych oraz raportów z poszczególnych etapów prac, obejmujących opis zastosowanych metod obliczeniowych, parametrów symulacji oraz kryteriów selekcji kandydatów. Dokumentacja powinna umożliwiać reprodukcję przeprowadzonych analiz oraz zawierać uzasadnienie wyboru zastosowanych metod modelowania molekularnego i chemoinformatycznego. Zamawiający oczekuje, że zastosowane podejście obliczeniowe będzie obejmowało integrację metod chemoinformatycznych, modelowania strukturalnego białek oraz symulacji molekularnych.
Od Wykonawcy wymaga się:
1. Organizowania telekonferencji, podczas których będą omawiane postępy realizacji projektu.
2. Przygotowywania raportów z postępu projektu.
3. Przygotowania raportu końcowego zawierającego opis wszystkich elementów usługi.
Zamawiający nie dopuszcza możliwości składania ofert częściowych (1 część przedmiotu zamówienia).
Zamawiający nie przewiduje możliwości składania ofert wariantowych.
Miejsce realizacji
Cała polska
Time limit for receipt of tenders
2026-03-25 22:59:59.0
Location
Kraj: Polska
Category assortment
Measurements, tests and technical acceptance
Market research and development
Market research and development
Buyer details
METASTHERA PROSTA SPÓŁKA AKCYJNA
Bożego Miłosierdzia 4 / 3
31-104 Kraków
Województwo: małopolskie
Kraj: Polska
NIP: 6762700443
Bożego Miłosierdzia 4 / 3
31-104 Kraków
Województwo: małopolskie
Kraj: Polska
NIP: 6762700443
